《阿优之神奇萝卜3》的故事延续《阿优之神奇萝卜》和《阿优之神奇萝卜2》，继续围绕聪明机灵、执着、有韧性，信守诺言的阿优和憨厚爱吃的胖仔、刻板教条的男人婆、胆小娇弱的阿美以及宠物狗小白在一个神奇的岛——萝卜岛上发生的奇妙生活展开。
