故事讲述了平凡的小学三年级的小学生高町奈叶,和一个来自异世界米德芝尔达,来挖掘到太古遗产(平行次元中存在的高度科技的文明的遗产)"圣石之种"而来的尤诺·斯克莱亚的魔法邂逅下,成为了与尤诺一起收集圣石之种的魔法少女.最终在时空管理局里工作.
